全原子分子动力学（MD）
MD 服务用于回答“是否稳定/为何稳定/哪里变化”。我们提供稳态区间说明、对照策略与可复现分析图表（RMSD/RMSF/H-bonds/SASA/RDF/MSD 等按体系裁剪）。
口径（可复核、可对照）
- 力场/水模型/离子条件：明确且可复现
- 稳态区间：RMSD/能量/关键指标判定
- 对照：apo vs holo / 候选A vs B / 不同盐度等
- 分析脚本：版本与参数可追溯（按约）
标志性交付物（图表闭环）
- 稳定性：RMSD/RMSF/Rg（按需）
- 相互作用：H-bonds/接触数/关键距离
- 暴露度：SASA（蛋白/配体/界面）
- 结构机制：DSSP/聚类/PCA（按需）
风险与边界（避免误用）
- 采样不足：不会给过度外推结论
- 配体参数质量：必要时先做参数校核
- 多replicas：何时需要、如何报告误差条
- 输出给出边界声明与复现路径
这项技术是什么
定义、能回答的问题与适用边界（先讲清楚，后谈方案）。
**是什么**：经典力场下的全原子分子动力学，用于研究稳定性、构象变化与相互作用随时间演化。
**能回答**：是否稳定（RMSD）、哪里柔（RMSF）、怎么变（聚类/PCA）、为何稳定（H-bonds/SASA/接触数），以及体系统计量（RDF/MSD）。
**边界**：单条轨迹不能当“真理”；必须声明稳态区间、对照策略与（可选）replicas一致性。
服务范围
什么问题适合用这类技术服务解决。
适用：生物大分子与配体、材料界面、溶液体系、聚合物局部结构等；边界：采样不足会影响结论外推，必须声明稳态区间与不确定性。
方法体系
我们如何做，口径如何对齐。
体系准备与参数口径（力场/水模型/离子条件）；分析指标集合（稳定性/相互作用/暴露/结构统计）；多replicas一致性（按需）；输出可复现脚本与版本信息。
交付清单
你最终会拿到什么（默认可复核包）。
交付：轨迹与关键快照（按约）；分析图表与数据表；输入/参数/脚本/版本；稳态区间与边界声明；复现路径。
验收口径
如何判断服务完成且可复核。
验收：口径清晰；图表可复现；稳态区间与对照说明完整；（如有）replicas一致性与误差条。
输入清单
建议输入越完整，越能减少返工并提高可信度。
输入：初始结构/拓扑；目标分析指标；条件（T/P/盐度/边界）；期望时长与预算；对照体系（如有）。
典型套餐（建议）
把服务变成可采购的组合包，便于决策与排期。
套餐：Baseline（单轨迹+基础图表）；Standard（对照+更全图表）；Pro（replicas/聚类/机制）；Research（DCCM/PCA/网络/更严格采样）。
研究级选配（v3）
更高精度/更大规模/更长采样：按需启用并声明适用范围。
选配：DCCM/PCA/网络；PMF/自由能（按需）；更长采样与重复策略；更严格边界处理（按需）。
准备开始一个服务？
给我们体系与目标，我们会回传“可行路线 + 套餐建议 + 里程碑 + 交付清单”。