生物医药与生命科学
面向对接—动力学—能量解释一体化流程，我们提供可复核交付：对照清晰、参数可追溯、边界可声明，并交付可复现材料。
Our Advantages
口径一致
统一参考、单位与对照策略
- 结论可复核：输入/参数/版本可追溯
- 明确适用范围与不确定性边界
Our Advantages
里程碑交付
先基线后精化，降低返工
- 阶段性产物可预览（按项目）
- 关键风险点提前披露
Our Advantages
定制化方案
按场景选择最小可信模型
- 必要时引入更高复杂度（按需）
- 交付材料结构化，便于复用与复现
典型问题
把复杂问题收敛到可信结论的关键障碍。
Pain Point
对接分数与真实结合脱节
- 口径不一致导致结论漂移
- 缺少对照与验证路径
- 难以复核与复用
Pain Point
动力学解释缺链路
- 现象→解释链不闭环
- 关键条件/假设未声明
- 缺少不确定性说明
Pain Point
复现材料不完整
- 输入不完整导致返工
- 缺少版本/参数/脚本
- 交付材料不可追溯
适用场景
按体系与数据条件选择最小可信模型建立基线。
Scenario
蛋白-小分子对接与复核
- 基线建立与关键变量识别
- 对照策略与敏感性（按需）
- 趋势与机理解释（按项目）
Scenario
MD 稳定性与构象机制
- 更真实边界条件（按需）
- 结构—性能关联
- 结果适用范围声明
Scenario
结合能/能量分解（按需）
- 数据分析与可视化
- 可复核材料打包
- 迭代优化与复现路径
Scenario
候选筛选与优先级排序
- 候选筛选与排序
- 误差/不确定性说明
- 对照与回归策略
证据链口径
把可信拆成可检查的口径与材料。
Evidence
体系准备与参数口径
- 明确比较对象与零点
- 单位/基准一致
- 输出口径可追溯
Evidence
对照与回归（基线）
- 关键步骤/指标验证
- 对照体系与回归
- 必要敏感性分析（可选）
Evidence
不确定性与边界
- 不确定性显式化
- 条件映射边界
- 避免误用的说明
方法体系
从基线到精化：先收敛，再扩展。
Methods
Docking/MD 基线
- 最小可信模型
- 关键变量识别
- 对照策略
Methods
关键相互作用与位点
- 按需加入复杂度
- 更充分的验证/采样
- 保持口径一致
Methods
趋势解释与复现包
- 趋势优先于绝对值
- 敏感性与归因
- 适用范围与误差
里程碑交付
每一步都有可验收产物，降低返工风险。
Milestone
M1：体系与基线
- 范围/口径书面确认
- 基线结果与对照
- 阶段性交付物
Milestone
M2：关键机制锁定
- 关键结论与解释链
- 敏感性/对照（按需）
- 阶段性图表/结论
Milestone
M3：对照与敏感性
- 按需扩展复杂度
- 一致性检查
- 误差与边界声明
Milestone
M4：交付与复现
- 报告+数据+脚本（按约）
- 版本/参数/日志
- 复现路径与答疑
交付清单
结构化交付，便于复核与复用。
报告：位点/机制/趋势
关键轨迹分析图表
输入/脚本/版本（按约）
可选：MM-PBSA/能量分解
候选排序与理由
复现包与说明
输入清单
输入越清晰，越能更快建立可信基线。
Input
你提供：结构/序列/配体
- 结构/数据/现象（如有）
- 边界条件与环境参数
- 你关注的指标与对照
Input
你提供：目标与筛选标准
- 目标与优先级
- 验收口径与输出格式
- 时间与约束（如有）
Input
我们回传：可行路线与清单
- 最小可信模型与对照基线
- 里程碑排期与风险提示
- 交付清单与复现路径
分析指标与图表（生物体系专属交付）
把“是否稳定、为何稳定、哪里协同”做成可复核图表与指标集合，便于论文/汇报直接使用。
基础必交付
稳定性与构象
判断体系是否进入稳态、是否存在构象漂移或局部柔性异常。
- RMSD（蛋白/配体/复合物）：稳态区间与漂移判断
- RMSF（按残基）：柔性热点与功能位点稳定性
- DSSP/二级结构：α/β稳定性与关键区域变化
- 关键距离/接触数（按需）：口袋占位与锁定构象
基础必交付
相互作用与暴露
解释结合为何发生：接触、氢键、疏水、溶剂暴露与关键残基贡献。
- 氢键数目/占有率（protein–ligand）：关键键与稳定性证据
- SASA（蛋白/配体/界面）：暴露/埋藏变化与疏水驱动
- 2D 相互作用图（按需）：关键残基与相互作用类型
- 口袋几何稳定性（按需）：关键侧链/角度/距离分布
基础必交付（按项目）
结合自由能与分解
定量解释“结合更稳定”的来源，并给出可比对照口径。
- MM-PBSA/MM-GBSA：结合自由能与分项（vdW/ele/solv）
- 能量分解（按残基，按需）：关键残基贡献排序
- 多replicas一致性：均值±标准差与收敛区间说明
- 对照体系：突变/构象/候选配体的可比口径
趋势与筛选（可选）
多候选决策图
把多候选体系的趋势做成“可决策”的对比图，而不是单点分数。
- 候选对比散点/排序图：ΔG vs 描述符（H-bond/SASA/口袋稳定性等）
- 聚类占比与代表构象（按需）：构象族群与稳定性
- PMF/反应坐标（按需）：结合/解离自由能剖面
- 推荐窗口与风险点：适用范围与不确定性说明
进阶机制模块（v2 新增：Ramachandran / DCCM / PCA）
当需要解释“远端位点如何影响口袋”“结合导致协同运动如何变化”“是否出现不合理主链构象”时，建议启用以下模块（按需）。
拉氏图（Ramachandran）
用于检查主链二面角分布与异常构象比例，提升“轨迹物理合理性”的可信度。
- 允许区/禁阻区占比（按链/按区段）
- 关键残基二面角分布与漂移
- 异常构象定位与原因提示（按需）
DCCM（动态交叉相关矩阵）
识别残基—残基协同运动网络，解释“全蛋白动力学如何影响结合位点”。
- 相关/反相关区域定位
- 对照：apo vs holo / 候选A vs 候选B
- 关键协同通路与热点残基（按需）
PCA / 聚类（构象族群）
提取主运动模式与构象族群占比，解释“体系主要处于哪些状态、状态如何切换”。
- PC1/PC2 投影与占比
- 聚类中心结构与代表快照
- 构象转换趋势与稳定态解释（按需）
验收口径：默认提供分析脚本/参数、稳态区间说明、对照策略与图表复现路径。若需更严格统计重复（replicas/采样时长/窗口数），建议立项阶段书面确认。
研究级高级模块（v3 选配）
当项目需要“状态—速率—自由能”的更严格定量结论，或需要发表级机制支撑时，可启用以下研究级模块（按需评估成本与数据条件）。
MSM / tICA（构象态与转换速率）
构建构象马尔可夫模型，给出主要构象态占比、转化路径与时间尺度，适合长时尺度构象重排与门控机制。
- tICA/特征选择与状态划分口径
- 稳态分布、转移矩阵与隐含时间尺度
- 主要通路与关键中间态（按需）
动态网络分析（协同通路/社团）
将蛋白视为网络，识别社团结构与通信通路，解释远端调控与变构效应，通常与 DCCM/PCA 联用。
- 社团划分与关键枢纽残基
- 通信路径对照：apo vs holo / 候选A vs 候选B
- 机制解读：门控/变构/协同运动
FEP / TI（相对结合自由能）
用于候选配体排序的更严格定量方法。适合系列化改造（R-group）与“谁更强”问题，但成本更高。
- 变换拓扑与λ窗口策略（按项目）
- 收敛与不确定性：重复/误差条
- 对照与可复现材料（脚本/版本/参数）
PMF（结合/解离路径自由能）
用于“如何解离/如何进入口袋”的路径型问题。常用 umbrella + WHAM，交付包含窗口设置与收敛证明。
- 反应坐标定义与窗口设计
- 重叠检查、误差估计与收敛说明
- PMF曲线与机制解读（按需）
提示：研究级模块通常需要更长采样、更严格重复与更明确的体系准备口径。建议在立项阶段同步数据现状与预算/周期预期，我们再给出最优组合与风险提示。
常见问题
FAQ
能保证不离开口袋吗？
- 不保证单条轨迹结论，提供对照/重复与边界声明更可靠。
FAQ
能做更精确结合自由能吗？
- 可按需上更高成本方法（按项目评估）。
准备开始一个项目？
给我们一句话目标 + 当前数据/结构情况，我们会回传“最小可信模型 + 里程碑 + 交付清单”。