自由能与增强采样(PMF/FEP/MetaD)
适用:PMF(umbrella+WHAM)、FEP/TI(相对自由能)、MetaD(探索自由能面/反应坐标)。用于候选排序、路径机制与更严格定量结论。
口径与设计(决定成败)
- 反应坐标:定义与合理性说明
- 窗口/λ策略:覆盖、重叠与重复策略
- 收敛诊断:误差估计与重叠检查
- 对照:基线一致性与可比口径
标志性交付物(可审计)
- PMF曲线/ΔΔG结果 + 误差条
- 收敛证明:重叠图/误差估计/稳态区间
- 输入+脚本+版本:可复现包(按约)
- 机制解读(按需):关键区段与RDS解释
风险与边界(我们提前声明)
- RC不合理会导致假结论:先做设计评审
- 采样成本:按精度要求可解释报价
- FEP对参数/拓扑敏感:提供校核与对照
- 结论外推边界:明确可解释范围
这项技术是什么
定义、能回答的问题与适用边界(先讲清楚,后谈方案)。
**是什么**:通过增强采样估计自由能差或自由能曲线:PMF(umbrella/WHAM)、FEP/TI(相对ΔΔG)、MetaD(自由能面探索)。
**能回答**:结合/解离路径自由能、候选排序(ΔΔG)、反应坐标上的势垒与稳定态。
**边界**:关键在反应坐标、窗口/λ设计与收敛证明;没有收敛证明的曲线不算交付完成。
服务范围
什么问题适合用这类技术服务解决。
反应坐标定义;窗口/λ设计;重叠检查与误差估计;收敛诊断;对照与复现路径;(FEP)拓扑与重复策略。
方法体系
我们如何做,口径如何对齐。
交付:采样设计说明;输入/脚本/版本;收敛证明(重叠/误差);PMF/ΔΔG曲线与机制解读(按需);复现包。
交付清单
你最终会拿到什么(默认可复核包)。
验收:采样设计合理;收敛与误差齐全;曲线与数据可复现;适用范围与风险提示明确。
验收口径
如何判断服务完成且可复核。
输入:初始结构/拓扑;反应坐标与目标;候选对照集合(FEP);预算/周期;期望精度。
输入清单
建议输入越完整,越能减少返工并提高可信度。
套餐:Baseline(MetaD探索/短PMF);Standard(完整PMF+收敛);Pro(FEP/TI排序+重复);Research(多维自由能面+UQ)。
典型套餐(建议)
把服务变成可采购的组合包,便于决策与排期。
选配:多维自由能面;UQ与统计重复;更真实溶剂/界面;自动化工作流(按需)。
研究级选配(v3)
更高精度/更大规模/更长采样:按需启用并声明适用范围。
选配:更高精度/更长采样/不确定性量化/更真实边界条件(按需)。
准备开始一个服务?
给我们体系与目标,我们会回传“可行路线 + 套餐建议 + 里程碑 + 交付清单”。
