宇际灵知 · 使用指南
任务提交帮助
选中你的计算线路，按文件准备、参数选择和操作步骤完成提交，再对照结果说明阅读报告。
从提交窗口打开帮助时，原页面会保留在另一个标签页，可随时切回继续填写。
01 / 开始使用
四步完成一次提交
- 1
选择方案
选择研究场景、体系组成和研究目标，再确认要执行的计算流程。
- 2
准备输入
按当前输入框上传结构，加载后检查分子、链和组分是否符合研究对象。
- 3
核对并提交
确认参数、方案摘要与交付内容，登录已获准使用平台的账户后提交。
- 4
查看与下载
在任务监控中查看进展，完成后预览并下载报告和完整结果。
第一次提交示例：一个小分子与一个蛋白
假设你已有一份受体 protein.pdb 和一份单分子 ligand.sdf，目标是先找可能的结合姿态。
- 在提交页选择“生物分子”，体系组成保留“小分子 + 蛋白”，研究目标选“结合模式与相互作用”。
- 保留 Docking。若需要图像与正式报告，选择绘图、报告并核对交付；选择报告会自动纳入所需绘图。暂不研究随时间的变化时，无需选择 MD。
- 将蛋白与小分子分别传到对应输入框，等待加载。用“显示控制”分别检查分子，确认链、配体身份和保留组分。
- 普通非共价体系先用页面默认引擎和标准策略。无已知位点时选自动识别；有实验位点时按真实链号、残基或坐标填写。pH 按实验条件设置，没有依据时保留默认。
- 核对“方案摘要”、输入名称、交付内容和当前费用，点击提交一次。记录项目编号，在任务监控中等待后续阶段完成。
- 完成后先读报告和排名，再查看代表构象、2D 相互作用和 3D 图；最后下载完整结果。不要仅用最低评分判断实验活性。
这里的文件名是命名示例，并非可下载的测试文件。金属、共价、糖链和修饰体系请改看对应专项指南。
官网与宇际灵知共用账户。可先查看方案与配置项；提交、查看自己的任务和下载结果需要登录。已有账号可继续用邮箱密码登录，手机号验证绑定后才可用于短信登录。
管理账户安全 →02 / 选择方案
先确定目标，再选择计算流程
顶部的“研究场景 → 体系组成 → 研究目标”决定后续配置。流程按钮用于选择本次需要执行的步骤，页面会随选择更新输入要求和交付内容。
- Docking · 对接
- 用于研究分子间可能的结合模式。准备对应对象的结构，并按需求选择自动识别位点或指定已有实验位点。
- MD · 分子动力学
- 用于研究体系随时间的结构变化。可用的输入方式、模拟时长和分析项目，随当前体系及所选流程展示。
- 绘图
- 生成所选的结构与相互作用图。仅绘图时需使用已有结构；2D、3D 选项以当前页面开放内容为准。
- 报告
- 汇总所选流程的结果与图表。需要正式报告时，请在提交前确认已选择报告，并核对交付内容。
提交前请再看一遍“方案摘要”和“交付内容”，确认本次是对接、动力学、绘图，还是包含报告的完整流程。
03 / 按线路操作
找到你的体系，展开完整指南
每条指南都包含文件清单、参数选择、逐步操作、提交前核对和结果解读。对接之后接 MD、已有复合物直接 MD、仅绘图的输入不同，可在“分析与已有结构”中进一步对照。
生物分子对接与筛选
小分子–蛋白：从分开结构寻找结合姿势适用于一个蛋白受体与一个小分子的普通非共价对接；需要观察动态变化时，再增加分子动力学。
从哪里进入研究场景选“生物分子”，体系组成选“小分子-蛋白”，研究目标选“结合模式与相互作用”。首次提交从单任务、标准对接开始。
1. 文件怎么准备
- 蛋白准备一份 PDB、ENT 或 CIF 三维结构，例如 receptor.pdb；也可在 PDB ID 框输入编号并点击加载。上传后检查三维窗口里的链、配体及其它组分是否与预期一致。
- 小分子准备一份包含正确元素、连接关系和键级的 SDF 或 MOL2，例如 ligand.sdf。不要把小分子 PDB 改后缀当作 SDF；PDB 不能提供可靠键级。
- 没有小分子文件时，可用 PubChem CID 加载，或输入 SMILES 生成结构；加载后仍要检查立体构型和结构。普通受体也可用页面显示的蛋白 FASTA 建模输入，但结构文件和 FASTA 二选一；带辅因子、核酸或特殊共价位点时优先提供明确三维结构。
- 若已有完整结合复合物：直做 MD 或仅绘图时上传同一份复合物 PDB/ENT/CIF，等识别完成后在“目标小分子”里选择正确实例；只有系统无法取得可靠化学模板时，再补该小分子的单分子 SDF/MOL2。
2. 参数怎么选
- 执行步骤
- 寻找新姿势选 Docking；需要成图再选绘图，需整理交付选报告。选择报告会包含所需绘图。需要动态分析时再增加 MD，不能用仅绘图替代对接。
- 活性位点
- 不知道结合位点时保留“自动识别”。已有实验位点可选残基列表，例如 A:45, A:52, A:108；知道搜索区域可选口袋坐标，例如 center 12.4, -3.1, 8.0；size 20,20,20。数字必须换成自己结构的实际坐标/编号。
- 模拟引擎与 pH
- 普通新任务可保留默认 Vina。页面开放 pH 时，默认 7.4；只有需要匹配特定实验条件时再从已提供的 pH 档位选择，不能把特殊线路未开放的 pH 控件当作可自定义条件。
- MD 时长
- 默认 20 ns，可选 50、100、200 ns。根据需要观察的过程及可投入的计算量选择；20 ns 只是初始设置，不表示任意体系都已稳定。
- MD 分析级别
- 标准 6 图用于先看 RMSD、RMSF、Rg、氢键、SASA 和自由能面；还需 PCA/DCCM 等再选二级分析；需要 MM/PBSA 及分解再选完整分析。
- 金属、辅因子与修饰
- 只在真实结构包含这些组分、且页面给出对应保留或模板要求时配置。不要为简化提交而删掉实验中参与结合的关键组分，也不要把普通非共价任务误选为共价任务。
3. 按顺序完成提交
- 选好体系、目标和执行步骤，再加载蛋白与小分子。
- 在三维窗口核对对象；若识别出金属或辅因子，按页面明确选择保留对象，并补充被要求的模板或价态。
- 保留自动口袋，或填入自己结构对应的已知位点。设置所需 MD 时长、分析级别及 2D/3D 图。
- 检查任务配置中受体、小分子、步骤和数量后提交；记录任务编号，在任务列表查看阶段进度。
- 完成后先检查结合姿势和接触位置，再结合评分与动态结果比较；下载自己选择的产物及完整结果包。
两个分开的文件用于 Docking；一个已经结合的复合物用于直 MD/仅绘图。直 MD 时务必确认选中的是研究目标小分子，而不是缓冲剂或结构辅因子。
4. 结果怎么看
- 只有对接时，主要下载构象与评分文件；没有勾选绘图或报告，不代表会自动得到全部展示图和报告。
- 2D 图看哪些残基形成相互作用；3D 图核对口袋位置、方向与空间接触。评分用于当前计算设置下的候选比较，不直接等于实验亲和力。
- 有 MD 时，联合查看 RMSD 的时间变化、RMSF 的局部波动及接触是否持续；有完整分析时再看 MM/PBSA 与分解，不用单个数值替代对结构和轨迹的检查。
容易弄错：含多个相连糖单元的小分子可能应转到“多糖-蛋白”专线；含核酸、金属、辅因子或共价连接的复杂体系，应按页面对应专线填写，不能直接套用普通小分子模板。
蛋白–蛋白：两个伙伴的界面对接用于两个蛋白伙伴或蛋白组装体之间的结合姿势与界面分析。先明确每个伙伴应包含哪些链。
从哪里进入“生物分子” → “蛋白-蛋白” → “结合模式与相互作用”。首次提交使用两个三维结构，保留全原子设置和 HADDOCK。
1. 文件怎么准备
- 分别准备蛋白 A、蛋白 B 的 PDB/ENT/CIF，或分别使用各自输入框的 PDB ID 加载；不要把同一完整复合物重复放进 A、B 两个框。
- 若一个伙伴包含多条链，先决定保留完整组装体还是单条链，并在“结构范围”里核对。默认保留全部链；只研究某一链时明确选择所选链。
- 若保留蛋白上已有的小分子组分，按页面逐项提供需要的 SDF/MOL2 模板；含保留小分子的 CIF 伙伴可能需要先提供 PDB/ENT 结构，以保留明确的实例映射。
- 已有结合构象、希望直做 MD 或仅绘图时，取消 Docking，改上传一个包含双方的复合物 PDB/ENT/CIF。不要上传只有一方的结构。
2. 参数怎么选
- 活性区域
- 未知界面可留空；有实验或结构依据时填写双方实际链号和残基号，例如 蛋白A A:39,48；蛋白B C:55,72。示例里的编号不可直接照抄。
- 柔性基团
- 默认刚性用于起始设置。需要让界面侧链参与调整时选“界面侧链柔性（自动）”；已知哪些残基应可动时选自定义并填写对应残基。不要为了增加选项而随意指定柔性区域。
- 结构范围与分辨率
- 结构范围决定参与计算的真实伙伴组成。新手保留全原子；切换粗粒化意味着模型表示发生变化，不应将两者的数值直接混为同一种结果。
- MD 与分析
- 需要观察界面随时间的变化再增加 MD；时长可选 20/50/100/200 ns。标准 6 图先检查整体与局部变化，更多相关运动分析选二级，需 MM/PBSA 时选完整分析。
- 出图
- 2D 用于查看界面联系，3D 用于核对伙伴取向。可按需要单独选 2D 或 3D；选择报告时所需绘图会随报告生成。
3. 按顺序完成提交
- 选择蛋白-蛋白，分别上传 A、B，并在预览中核对链数和组装状态。
- 确定结构范围；仅在有依据时填写双方活性残基和自定义柔性残基。
- 按目标选择仅对接、对接+MD、绘图或报告，并核对任务配置。
- 提交后在任务列表查看准备、计算和交付阶段，不用浏览器预览的加载速度判断科学计算是否结束。
- 完成后先看双方取向和界面残基，再比较候选构象与评分；需要动态判断时结合 MD 图和轨迹。
蛋白 A/B 是两个不同伙伴；链的归属和编号正确。若其中一个实际为 2–20 aa 短肽，系统可能切换为多肽-蛋白处理，应重新核对页面显示的线路。
4. 结果怎么看
- 对接构象与评分用于比较伙伴取向，先排查结合是否发生在预期表面。
- 界面 2D/3D 图用于定位参与接触的链和残基；有 MD 时进一步查看界面接触是否持续以及局部波动。
- 报告按所选步骤汇总，不能把单次对接评分解释成已经验证的结合强度或生物学功能。
容易弄错：当前提交线路要求蛋白三维结构；虽然界面可能显示 FASTA 建模框，PPI 的序列提交尚未接通。请使用结构文件或加载 PDB ID，不以 FASTA 代替 A/B 文件。
多肽–蛋白：按多肽长度与拓扑提交先区分线性、环肽及已有明确修饰的多肽。系统会按长度和约束选择处理方式，不需要手动把所有多肽指定为同一个引擎。
从哪里进入“生物分子” → “多肽-蛋白” → “结合模式与相互作用”。按输入标签区分“多肽 A”与“蛋白 B（受体）”，不要仅凭左右位置判断。
1. 文件怎么准备
- 蛋白 B 提供 PDB/ENT/CIF，或用 PDB ID 加载；普通未扩展受体也可使用页面提供的蛋白 FASTA 建模入口。文件与 FASTA 二选一。
- 多肽 A 优先提供可信 PDB/ENT/CIF。普通 2–20 aa 线性多肽也可粘贴 FASTA，仅使用 20 种标准氨基酸单字母代码，不填写 B/J/O/U/X/Z。
- 超过 20 aa 的长肽、已折叠多肽或需要明确伙伴位点约束的结构，应上传可信三维结构；系统可按实际结构切到 HADDOCK3。不要把长肽序列当作已完成结构建模。
- 环肽要按真实拓扑选择；2–4 aa 环肽需上传已经闭环的可信三维结构。带 ORN/DPN 的首尾环肽要求单链、2–20 aa、坐标中已有闭环，当前只开放对接、绘图和报告。
- 批量多肽可将各个结构或 FASTA/TXT 文件放入 ZIP；首次使用建议先完成一个代表性多肽，确认链、序列和拓扑后再提交批量。
2. 参数怎么选
- 多肽拓扑
- 线性与环状必须和实际分子一致。上传结构时检查闭环是否真实存在；选择“环状”不能替代为复杂长肽补造共价连接。
- 引擎
- 2–4 aa 线性短肽自动走短肽采样，5–20 aa 普通多肽使用 ADCP；长肽或需要伙伴约束的结构可转 HADDOCK3。以页面识别结果为准。
- 活性区域与柔性
- 无已知位点时留空；有明确依据时填写双方链号/残基号。普通 ADCP 中“默认（多肽柔性）”已包含多肽柔性，不等于强制把多肽固定不动。
- MD
- 普通已开放结构可在 Docking 后增加 MD；也可为已有完整多肽-蛋白复合物选择直 MD。带 ORN/DPN 的环肽、含核酸伙伴的复杂受体等特殊组合尚未开放 MD，不应勾选。
- pH 与分析级别
- 只使用当前线路实际开放的控件；普通 2–20 aa 对接不要期待自定义 pH 一定生效。MD 的标准、二级、完整分析分别按所需动态指标与 MM/PBSA 选择。
3. 按顺序完成提交
- 选好多肽-蛋白，先上传蛋白受体，再提供多肽结构或一条允许范围内的线性序列。
- 检查系统识别的氨基酸数、线性/环状提示和引擎；若提示长肽应改传三维结构，先完成此项。
- 核对伙伴标签和链号，再按实际依据填写约束。普通首次任务可保持默认多肽柔性。
- 选择对接及所需输出；仅对当前支持的组合增加 MD，然后提交。
- 完成后检查多肽整体走向、环是否保持、参与接触的残基，再看对应评分与可用动态分析。
多肽长度、环化方式、标准/非标准残基与上传结构一致。一个多肽不要同时上传文件并粘贴序列；只有一个氨基酸时应使用小分子-蛋白线路。
4. 结果怎么看
- 对接结构显示多肽如何进入受体表面或口袋；检查整条多肽的方向和关键残基，而不是只看一个局部接触。
- 2D/3D 图辅助定位双方相互作用；有 MD 时看多肽位姿和接触随时间是否保持，并结合 RMSD/RMSF 等指标。
- 不同长度、拓扑或引擎得到的评分不能直接当作同一实验尺度；比较前确认计算设置一致。
容易弄错：蛋白-DNA/RNA 复合受体与多肽组合目前需要单个多肽三维结构并从对接开始，不接受多肽 FASTA/批量 ZIP，也未开放 MD。
多肽–多肽：两个明确结构的成对对接用于两个多肽伙伴的对接和后续分析。当前推荐从两个可信三维结构开始，确认各自拓扑后提交。
从哪里进入“生物分子” → “多肽-多肽” → “结合模式与相互作用”，选择 Docking，再按需增加 MD、绘图或报告。
1. 文件怎么准备
- 分别准备多肽 A 与多肽 B 的单个 PDB、ENT 或 CIF 文件；也可用各自输入框的 PDB ID 加载后检查实际链。
- 每份文件只代表该伙伴需要参与计算的结构；确认序列、链号以及线性/环状状态。环化与非标准连接应有明确的结构依据。
- 这条线路当前按单对组分提交，不使用高通量 ZIP 库。虽然页面有 2–20 aa 线性 FASTA 输入提示，当前提交仍应使用两份三维结构。
2. 参数怎么选
- 多肽 A/B 拓扑
- 分别核对，不要把一个环肽和一个线性肽统一指定为同一种拓扑。结构中已有连接应与选择一致。
- 活性区域
- 不知道界面时留空；已知参与结合的残基时可填 多肽A A:2-5；多肽B B:3,6-8，使用自己文件的链号和编号。
- 柔性基团
- 默认设置可用于起始任务；明确需要调整某段时再选择自定义柔性残基。引擎由该线路使用 HADDOCK3 柔性精修，不需要手动切换到小分子对接。
- MD 与输出
- 需要动态观察时在对接之后增加 MD，时长从 20/50/100/200 ns 中选择；按所需图和报告选择输出。当前不使用已有复合物直接进入 MD。
3. 按顺序完成提交
- 选择多肽-多肽并保留 Docking，分别上传 A 和 B 的三维结构。
- 预览两条多肽，核对长度、链和拓扑，再填写有依据的活性区域或柔性设置。
- 按目标增加 MD、2D/3D 图或报告；检查提交配置仍是一对多肽。
- 任务完成后先核对两条多肽的接触方向与构象，再看界面图和可用动态结果。
两个独立伙伴都已提供三维结构，工作流包含 Docking，未选择高通量。
4. 结果怎么看
- 先看双方的相对方向与接触残基，检查环或已有连接是否保留。
- 有 MD 时结合结构变化、局部波动和接触持续性分析；有报告时按其中实际列出的计算步骤解读结果。
容易弄错：当前复合物直达 MD 未开放；不要因页面可切换步骤而以为此分支已接通。纯 FASTA 与普通单复合物仅绘图也不作为本指南的可用提交路径。
DNA/RNA–蛋白：核酸伙伴与蛋白界面菜单名称为“DNA-蛋白”，输入可包含 DNA 或 RNA。用于已有核酸结构与蛋白伙伴的界面对接及相应分析。
从哪里进入“生物分子” → “DNA-蛋白” → “结合模式与相互作用”。首次使用全原子设置与 HADDOCK。
1. 文件怎么准备
- 在 DNA/RNA 输入框提供核酸受体 PDB、ENT 或 CIF；如果研究双链或多链核酸，文件应包含需要保留的全部链。
- 在蛋白输入框提供另一份蛋白 PDB、ENT 或 CIF。可分别用 PDB ID 加载，随后核对加载的结构是否确实是各自目标。
- 输入应为三维结构，不能用 DNA/RNA 字母序列代替坐标；蛋白 FASTA 建模目前也不用于这条提交线路。
- 已有核酸-蛋白结合复合物且只需 MD 或绘图时，取消 Docking 后上传一份包含双方的完整复合物结构，并核对链归属。
2. 参数怎么选
- 活性区域
- 没有已知界面可留空；有依据时分别填写蛋白和核酸的真实残基/核苷酸号，例如 蛋白 A:18,23,70；核酸 C:7-9。
- 柔性区域
- 默认设置用于起始任务；需要界面调整可选“界面柔性（自动）”；明确某段可动时再选自定义并填写双方实际编号。
- 模型分辨率
- 新手保留全原子。核酸链及其配对关系首先应正确，切换粗粒化不能修复缺失或错误的输入结构。
- MD 与绘图
- 按是否要观察动态变化决定是否加 MD；再选择时长、分析级别及 2D/3D 输出。需要汇总文档时选报告。
3. 按顺序完成提交
- 选择 DNA-蛋白，分别提供核酸结构与蛋白结构。
- 在预览里检查核酸类型、链数及蛋白身份；根据实验依据填写双方界面编号。
- 保留默认引擎和全原子，选择所需流程与输出后提交。
- 完成后先查看蛋白是否接触预期核酸区域，再对照界面图和所选 MD 分析。
核酸链完整且身份明确；活性区域中的蛋白编号与核酸编号分别对应真实文件，不能混用序列位置与结构残基编号。
4. 结果怎么看
- 3D 结构看蛋白相对核酸的方向和位置；界面图定位对应链、残基或核苷酸。
- 动态任务结合轨迹指标和接触变化看界面行为。若另选界面快速评估，其电性、质子化或界面结果不等于实验亲和力；该核酸-蛋白评估不输出未经验证的 Kd/pKd。
容易弄错：菜单名中的 DNA 不表示只能传 DNA，但必须传实际核酸三维结构。不要把蛋白+核酸复杂受体再加一个小分子的三方任务放到此双伙伴入口。
小分子–DNA/RNA：核酸受体的单配体对接用于一个纯 DNA/RNA 受体与一个小分子。该线路当前必须从分子对接开始，然后才能增加动力学、绘图与报告。
从哪里进入“生物分子” → “小分子-DNA / RNA” → “结合模式与相互作用”，保留 Docking。
1. 文件怎么准备
- 核酸输入一份纯 DNA/RNA 的 PDB、ENT 或 CIF，可含研究所需多条核酸链；不接受核酸序列或受体 ZIP。也可用 PDB ID 加载后检查内容。
- 小分子输入一份仅含一个分子的 SDF 或 MOL2，保留正确键级；可用 CID 或 SMILES 加载后确认结构。不接受小分子 PDB 或 ZIP 库。
- 若受体同时包含蛋白链，应切换到“小分子-蛋白”并按复杂受体保留核酸组分；不能把三方体系当作纯核酸受体提交。
2. 参数怎么选
- 定位方式
- 没有已知位置时保留“自动定位”；已知结合核苷酸时使用核苷酸列表，例如 A:DA-4, A:DT-5, B:DG-16，必须换成实际残基名、链号和编号。
- 口袋坐标
- 已有明确空间区域时可填中心和尺寸，例如 center 12.4, -3.1, 8.0；size 20,20,20；不要用其它结构的坐标套用当前文件。
- 流程与引擎
- 使用该线路的 Vina 对接。可以在后面增加 MD、绘图和报告；当前不提供直接 MD、仅图、高通量或特殊共价对接入口。
- MD 分析
- 标准 6 图对应核酸骨架 RMSD、核苷酸 RMSF、Rg、核酸-配体氢键、SASA 和自由能面；二级增加 DCCM/PCA、氢键寿命与核苷酸接触频率，完整分析再加 MM/PBSA 与核苷酸分解。
3. 按顺序完成提交
- 选择小分子-DNA/RNA并保留Docking，分别加载核酸和单分子文件。
- 确认受体没有蛋白链，小分子只有一个且化学结构正确。
- 保留自动定位，或按当前核酸文件填写已知核苷酸/坐标区域。
- 选择是否增加 MD 及所需图、报告后提交；完成后按核酸专用指标查看结果。
必须是分开的纯核酸受体和单个小分子；包含 Docking；没有 ZIP、序列或高通量。
4. 结果怎么看
- 先检查小分子位于核酸的哪个空间区域，以及接触的核苷酸是否符合研究目标。
- 2D/3D 图对应核酸-小分子相互作用；MD 图按核酸骨架及核苷酸解释，不用蛋白 DSSP 等指标套用。
- 完整分析中的能量与分解用于所用模型下的比较，仍需结合构象、接触与实验信息判断。
容易弄错：通用界面虽可切换工作流，但这条线路的服务器要求第一阶段为对接；已有复合物不能通过取消 Docking 直接提交 MD 或仅绘图。
蛋白–小分子高通量：先筛选，再对 Top 候选深入分析用于同一受体筛选多个小分子。候选保留数量、出图数量和 MD 深筛数量分别控制，后两项不会自动覆盖整个分子库。
从哪里进入在“小分子-蛋白”中包含 Docking，然后切换为“高通量”。首次筛选使用一个普通蛋白受体和标准非共价模式。
1. 文件怎么准备
- 准备单个受体 PDB/ENT/CIF，并在预览里确认保留的链。使用单个受体更容易核对筛选结果与口袋设置。
- 有自己的候选库时选择“自定义上传”，上传 SDF/MOL2 配体库，或仅包含独立 SDF/MOL2 的 ZIP。为不同分子使用可区分的名称，不放 PDB、图片或报告充当配体。
- 没有自建库时，可选择当前开放的“FDA 已批准药物核心库（2059）”；此时不再同时上传另一套配体库。PubChem、ChEMBL 和 ZINC 整库当前未开放。
2. 参数怎么选
- 候选小分子 Top N
- 默认保留 Top 20，可选 10/20/50、全部或填写数量。它控制保留候选，不表示只计算这些分子。数量不应超过实际库大小。
- 出图小分子 Top N
- 默认 Top 3；在保留候选范围内选择要深入查看的图数量。想先总览可少量出图，待检查排序后再决定研究重点。
- MD 深筛数量
- 默认 Top 1，可改为 Top 3 或自填。只有启用 MD 才生效；更多候选及更长 MD 会增加总计算量，不等于整个库都做 MD。
- 口袋
- 单个受体可自动识别或使用有依据的位点。多个受体 ZIP 会采用自动定位，不应给不同坐标体系共用一组口袋坐标。
- MD 分析与报告
- 对 Top 候选增加 MD 后再选时长和分析级别；需交付总结选报告。图数量和 MD 数量均受保留候选数量约束。
3. 按顺序完成提交
- 选择普通小分子-蛋白对接并打开高通量，先上传一个受体。
- 在配体库与 FDA 核心库之间选择一种来源，核对界面识别的分子数量。
- 设定候选 Top N、出图 Top N；只有需要时再启用 MD 并设少量深筛数量。
- 检查受体、库来源、数量和所选流程后提交。任务运行时按阶段进度查看，不将单个候选的完成误认为整个筛选完成。
- 先读筛选排序和候选身份，再看所选 Top 候选的姿势、图和 MD；保存完整结果包以便复核。
库中的每个条目都是真实小分子结构；出图数、MD 数不大于候选保留数；选用的数据源确实开放。
4. 结果怎么看
- 首先对照候选名称与排序，确认没有把不同分子或重复名称误认成同一候选。
- 查看 Top 候选的结合位置与相互作用；只有选中的候选会进入对应后续出图/MD 阶段。
- 筛选排序是本次设置下的计算结果，不是实验活性排名；进一步判断应结合化学结构、姿势和后续研究。
容易弄错：含核酸的复杂受体不开放普通高通量；共价、修饰、金属或辅因子组合需满足页面各自支持范围。切到特殊模式后高通量不可选时，不应靠上传 ZIP 绕过。
自动设计候选小分子：从蛋白口袋开始没有现成候选库时，根据一个蛋白三维结构生成候选，再沿高通量对接流程筛选。生成结果仍是需要验证的研究候选。
从哪里进入“小分子-蛋白” → 包含 Docking → “高通量” → 配体区点击“自动设计”。引擎中可选择 PocketXMol 或 CGFlow。
1. 文件怎么准备
- 必须上传单个蛋白 PDB 或 CIF 三维结构，并包含至少一条标准蛋白链。此模式不接受仅 FASTA、多受体 ZIP 或 ENT。
- 开启自动设计后，不再上传已有配体/配体库，也不同时选择现成数据库；再次点击“自动设计”可退出。
- 使用普通非共价蛋白受体；当前不与保留金属、辅因子、蛋白修饰或含 DNA/RNA 的复合受体组合。
2. 参数怎么选
- 生成引擎
- 默认 PocketXMol 生成口袋条件化三维候选；CGFlow 为研究级口袋专属优化流程，计算量较大，并提供其生成的合成路线资料。选择前明确自己是否需要这类额外输出。
- 生成数量
- 当前页面开启自动设计时设为 100 个候选。候选 Top N 是后续保留数量，不是生成数量；不要通过 Top N 判断实际生成数。
- 口袋定位
- 有明确实验口袋时按当前结构填写位点或坐标；没有时使用自动定位。输入区域应反映真实研究目标。
- 后续筛选
- 候选保留默认 Top 20、出图默认 Top 3、启用 MD 后默认深筛 Top 1；按需要调整，先核对候选质量再扩大后续计算。
3. 按顺序完成提交
- 上传单个普通蛋白 PDB/CIF，切到高通量并点击“自动设计”。
- 检查已有配体库已退出，确认生成引擎和口袋设置。
- 设置生成后的候选保留、出图及 MD 深筛数量，检查流程包含 Docking。
- 提交后等待生成与后续筛选；完成后下载候选结构、排序及所选后续结果。
- 检查候选化学结构、结合姿势和模型输出；需要实际采用时再进行性质、合成可行性及实验复核。
单个 PDB/CIF 蛋白、标准非共价模式、高通量且包含 Docking；没有同时上传配体库或选择数据库。
4. 结果怎么看
- PocketXMol 输出候选 SDF、三维构象与模型原始自置信度；自置信度不能当作实验活性。
- CGFlow 输出候选、结合姿势及逐分子合成路线资料；路线与可合成性仍需审查，不能据此承诺可直接合成。
- 结合后续对接姿势、排序以及选择执行的 MD/图/报告筛选研究候选，不把“生成成功”当作药效或结合验证完成。
容易弄错：自动设计需要真实三维蛋白结构，不会从任意序列、金属受体或核酸复合体自动补齐所有特殊建模步骤。
分析与已有结构
单蛋白结构性质分析了解一个蛋白的结构质量、表面口袋、电荷性质，或进一步观察其动力学变化。
从哪里进入生物分子 → 单蛋白 → 结构性质分析；在“交付内容”的“分析项目”中选级别。
1. 文件怎么准备
- 准备一份 PDB、ENT 或 CIF 蛋白三维结构；也可在 PDB ID 输入框填写编号并点击“加载”。例如 1CRN 可用于熟悉结构加载步骤，正式计算请使用自己的研究对象。
- 加载后通过三维预览核对链、残基范围和所需组分。蛋白与 DNA/RNA 混合结构应选择相应复合物线路。
- 当前单蛋白提交请使用三维结构。即使页面显示序列输入框，也不要把 FASTA 当作本线路可直接提交的结构文件。
2. 参数怎么选
- 快速评估
- 先检查结构质量与基本性质：二级结构、Ramachandran、缺失与碰撞、作用网络、分子量、pI 和净电荷。
- 标准分析
- 页面默认。增加 SASA、表面斑块、口袋体积与可成药性、静电势、pKa 和电荷–pH；首次研究结构性质可先选此项。
- 完整分析
- 在标准分析上加入固定 100 ns 显式溶剂 MD、RMSD/RMSF/Rg、DSSP/PCA/DCCM、构象聚类与动态口袋。
- 分析 pH
- 默认 7.4；可用值为 3.0、5.0、6.0、6.5、7.0、7.4、8.0、9.0。含某些特殊组分时该项固定为 7.4，按页面可用状态操作。
- 离子强度
- 标准/完整分析显示此项，默认 0.15 mol·L⁻¹；有明确实验条件时再调整。计算策略由系统自动匹配。
3. 按顺序完成提交
- 选择单蛋白体系，先上传结构或加载 PDB ID，等待解析完成。
- 检查三维预览；根据研究问题选择快速评估、标准分析或完整分析。
- 核对 pH、离子强度及交付内容，确认选择完整分析是否符合自己的动力学需求，再提交。
确认文件确实包含需要研究的蛋白链，研究目标是单蛋白性质而不是两种分子的结合。完整分析中的 100 ns 是模拟时长，不是预计等待时间。
4. 结果怎么看
- 先读报告中的结构质量检查，再看表面、口袋与电荷图；把异常位置和热点对应回输入残基编号。
- 完整分析还需结合 MD 曲线与代表构象，检查关注区域的变化；比较突变体时保持条件和分析范围一致。
- 口袋评分、pKa 等是模型结果，不能仅凭一项分值认定已经获得实验验证。预览报告后下载完整结果保存。
容易弄错：不要为了“更全面”直接选完整分析。若只需静态结构性质，标准分析已覆盖表面、口袋和电荷；MD 会增加计算工作。
二硫键氧化还原电位从含完整二硫键的蛋白结构出发，按专项协议计算各二硫键的电位与相关分析。
从哪里进入生物分子 → 单蛋白 → 结构性质分析 → 分析项目“二硫键电位”。
1. 文件怎么准备
- 上传已有氧化态二硫键的单链蛋白 PDB、ENT 或 CIF；无需分别上传氧化态和还原态两份文件。
- 输入需为一条连续蛋白链，半胱氨酸硫原子坐标完整。页面按 S–S 距离 1.75–2.25 Å 识别完整二硫键。
- 二硫键残基使用整数编号，不含插入码。如整理过编号，请自行保留与原序列/实验编号的对照。
2. 参数怎么选
- 分析对象
- 当前处理全部识别到的二硫键，不提供逐键勾选。未识别到完整二硫键时，这个分析选项不可选。
- 计算流程
- 使用专项固定采样协议，自动安排氧化态、还原态、自由能计算、分析与报告；不套用普通 MD 的时长设置。
- 实验比较
- 报告同时保留原始值与经验校正值；核对电位单位，以及实验的参比和条件。
3. 按顺序完成提交
- 上传结构后等待解析，先确认二硫键电位选项已可选择。
- 选择“二硫键电位”，核对蛋白链与残基编号后提交。
- 计算过程中按当前阶段跟踪；多条二硫键涉及多个计算段，某一个片段完成不代表整单完成。
结构应含真实完整的二硫键，不能仅凭两个 CYS 的残基名称代替成键坐标。若选项不可选，先查缺失硫原子、链数和残基编号。
4. 结果怎么看
- 先按残基对核对每条二硫键，再查看电位及统计区间；V 与 mV 相差 1000 倍。
- 当前报告的 2015 协议经验校正为 E校正(mV) = 1.5 × E原始(mV) − 43 mV。校正列已完成换算，不要再次校正；它也不是本任务重新拟合的实验标定。
- 原始汇总图与校正表可能数值不同，先辨认“原始/校正”标签。区间不涵盖全部模型系统误差，不应直接当作实验测量误差。
容易弄错：不能仅凭一个电位判定蛋白的生理还原活性或变构功能。比较实验时应核对对应二硫键、单位和实验条件，并明确使用原始值还是校正值。
对接后继续分子动力学还没有结合构象时，先对接获得起始复合物，再用 MD 观察后续变化。
从哪里进入先选择对应的分子体系与“结合模式与相互作用”，同时选中 Docking 和 MD；需要图表/报告时再选绘图、报告。
1. 文件怎么准备
- 按相应对接线路分别准备受体与配体结构；具体格式、糖类、金属或修饰要求见各体系指南。
- 本方式由前面的对接阶段提供 MD 起始复合物。已有可信结合构象、希望沿该构象模拟时，应使用“已有复合物直接 MD”。
2. 参数怎么选
- MD 时长
- 常规可选 20、50、100、200 ns，初始默认 20 ns。20 ns 可用于熟悉流程和初步观察；更慢的构象变化可能需要更长采样。没有统一的“选多少就一定收敛”。
- 标准 6 图
- 适合先看整体变化：RMSD、RMSF、Rg、氢键、SASA、自由能面。
- 结构动力学
- 需要分析二级结构、相关运动、主要构象运动及接触频率时选择；核酸体系使用相应的骨架/核苷酸指标。
- 完整机制分析
- 在结构动力学基础上增加 MM/PBSA 能量分解；希望分析能量及残基贡献时再选择。
- pH 与特殊体系
- 普通 MD 使用准备时的固定初始质子化态，不是恒 pH MD。小分子缔合、环糊精、单蛋白和材料有专用级别或时长要求，请按各自指南选择。
3. 按顺序完成提交
- 先按对应对接线路加载两方结构，配置已知位点或保留自动定位。
- 选中 MD，确认图表级别和模拟时长；需要报告时核对报告已选中。
- 检查方案摘要同时包含对接和 MD，核对特殊组分保留选项后提交。
确认当前体系确实开放 MD。灰色或不支持的选项不能通过备注启用；切换体系或特殊化学状态后重新检查流程摘要。
4. 结果怎么看
- 先核对用于模拟的结合构象，再按 RMSD → 局部波动/接触 → 代表构象的顺序阅读结果。
- 选择能量分析时，结合总能量、分项和统计区间看残基贡献；不要把 MM/PBSA 数值与对接评分直接混为同一种量。
- 轨迹未观察到解离不等于证明实验一定结合；曲线平稳也不能单独证明已充分采样。
容易弄错：ns 是模拟体系经历的时间，不是现实运行时间。单纯增大时长不能纠正错误起始结构、错误质子化态或缺失的关键组分。
已有复合物直接 MD以已开放的小分子–蛋白、蛋白–蛋白流程为例：从已有实验结构或可信结合构象开始模拟。
从哪里进入小分子–蛋白或蛋白–蛋白 → 结合模式与相互作用；保留 MD、取消 Docking，按需要选择绘图和报告。
1. 文件怎么准备
- 上传已经形成的复合物 PDB、ENT 或 CIF，其中要同时包含本次研究的各组分，且彼此位于同一坐标系。不要上传两份彼此分离的单体来代替复合物。
- 小分子–蛋白复合物加载后，选择要研究的目标小分子实例；如果缺少可靠键级，按提示补充对应的单分子 SDF/MOL2 模板。
- 有多个有机辅因子、金属、修饰或核酸组分时，逐项核对页面识别和保留设置，以当前实际开放的组合为准。
2. 参数怎么选
- 模拟时长与分析
- 常规体系可参考“对接后继续分子动力学”的 MD 时长和图表级别；小分子缔合、环糊精等使用自己的专用档位。
- 目标小分子
- 选择正确的化学组分及实例。目标不能同时作为保留辅因子；模板必须对应目标的键级、立体化学与化学状态。
- 质子化状态
- 按研究条件使用页面开放的 pH 设置；该设置控制固定初始态，不代表恒 pH 模拟或自动修改金属氧化态。
3. 按顺序完成提交
- 先切换为不含 Docking 的 MD 流程，确认输入框已变为复合物结构。
- 上传复合物，等待解析，选择目标并补齐页面要求的模板。
- 在三维预览中确认各组分位置正确，选择时长、分析和报告后提交。
方案摘要中应有 MD 而没有 Docking；起始复合物就是希望研究的构象，所需配体、链和辅因子均已保留。小分子–DNA/RNA、多肽–多肽当前不能照此方式直接提交 MD。
4. 结果怎么看
- 对照输入与模拟后的代表构象，看配体位置、关键接触与局部结构变化。
- 结合 RMSD、RMSF、距离或接触类指标判断变化出现在哪个阶段，不只比较起点和终点截图。
- 如选择 MM/PBSA，进一步查看统计范围、能量分项与区间；最终文件种类以当前线路交付内容为准。
容易弄错：直接 MD 不会自动替你重做对接或修正不可信的结合模式。复合物中的目标小分子名称相同但有多个实例时，必须选对实例。
已有结构只生成 2D / 3D 图以已开放的小分子–蛋白、蛋白–蛋白流程为例：为已有复合物生成结构与相互作用图。
从哪里进入小分子–蛋白或蛋白–蛋白 → 结合模式与相互作用；仅保留“绘图”，选择 2D、3D 或两者。
1. 文件怎么准备
- 上传已形成的复合物 PDB、ENT 或 CIF；图中需要的链、配体和相互位置应已在该文件中。
- 小分子–蛋白单复合物会识别目标小分子；缺少可靠键级时补充对应的单分子 SDF/MOL2 模板。
- 需要批量绘图时使用页面支持的 ZIP 入口，并按对应体系要求组织复合物和模板。首次使用建议先完成一个单复合物，再准备批量输入。
2. 参数怎么选
- 图像类型
- 2D 用于阅读相互作用与残基标签；3D 用于查看空间位置和整体构象。可只选其中一种，至少保留一种。
- 配色与组分
- 使用页面提供的配色；多链蛋白有整体/拆分等选项时，按本次要展示的组分配置。
- 报告
- 通用“仅绘图”流程不单独生成报告。需要计算报告时，选择相应 Docking 或 MD 流程与报告；不要把只绘图当作完整计算。
3. 按顺序完成提交
- 先将流程切换到仅绘图，再上传已有复合物。
- 确认目标组分和所需模板，选择 2D、3D 及配色。
- 通过三维预览核对结构，然后提交；完成后在历史任务中打开对应图片预览。
仅绘图使用上传的结合构象，不会计算新的对接姿势。确认文件中的相对位置、链和目标组分正确；小分子–DNA/RNA、多肽–多肽当前不能套用此通用仅绘图入口。
4. 结果怎么看
- 2D 图先核对相互作用对象及残基编号，3D 图先核对显示的分子和空间位置。
- 提供“修改图片”入口的任务可调整对应样式；不同图支持的编辑项不同，按编辑页实际控件操作后保存。
- 图片是结构分析的展示，单幅图不能代替对接、动力学或结合能力的证据。请下载完整结果保存所需原图。
容易弄错：绘图不能从两个分离单体推断结合位置，也不能把示意连线当作实验确认的相互作用。
分子识别与特殊体系
小分子–小分子：非共价缔合寻找两个小分子的结合构象，再按需要研究其在水中的动态变化。
从哪里进入研究场景选“分子识别”，体系组成选两个小分子，研究目标选“结合模式与相互作用”。
1. 文件怎么准备
- 分别准备 molecule_A.sdf 和 molecule_B.sdf，或对应的 MOL2。每个文件只含一个完整分子，保留三维坐标、键级、形式电荷与立体化学；不接受 PDB 作为这两个输入。
- 一对多筛选时，固定的一侧仍用一个 SDF/MOL2，另一侧将多个 SDF/MOL2 放入 ZIP，再切换“高通量筛选”。恰好一侧使用 ZIP，不支持 ZIP×ZIP。
2. 参数怎么选
- 溶剂环境
- 必须主动选择与实验相符的溶剂。非水溶剂可用于缔合搜索；选择 MD 时目前只能使用水。
- 搜索强度与缔合比
- 首次操作可保留“标准”搜索强度。A:B 的 1:1、2:1、1:2 表示参与计算的组分数量，按实际研究对象选择，不能把溶液浓度比直接当成缔合计量。
- 净电荷与自旋
- “化学状态”对应每个完整分子的净电荷，不是金属氧化态。页面不能可靠识别时需明确选择；出现“自旋确认”后，依据已知电子态填写并确认，不能猜数。
- MD 时长与分析
- 页面提供 20、50、100、200 ns。标准动力学看基本轨迹指标；结构动力学增加聚类、相互作用占有率和 PCA；MD+MM/PBSA 增加端点能量；双解耦 ABFE 是额外的自由能计算，不能仅为多出图而选择。
3. 按顺序完成提交
- 上传 A、B 文件，在显示控制中分别查看，确认对象没有放反。
- 选择实际溶剂和 A:B 比例，核对净电荷；首次常规探索可先保留标准搜索强度。
- 需要构象与图文交付时选择 Docking、绘图、报告；研究水中动态行为时再加入 MD 并选分析级别。
- 批量模式另行设置保留 Top N、出图 Top N 和 MD Top N，核对方案摘要后提交。
确认两侧分子完整、溶剂已选、计量正确；有 MD 时溶剂必须为水，ZIP 库只能出现在一侧。
4. 结果怎么看
- 先看构象排序和代表复合物，再看 2D/3D 中的接触方式；排名只是在本次方法与条件下的相对结果。
- 标准 MD 图包含组分 RMSD、质心距离、接触数、氢键、SASA 和自由能面。联合观察距离、接触和占有率随时间的变化，不只凭一张最优构象判断稳定性。
- MM/PBSA 与 ABFE 的方法和采样不同，应阅读各自报告的方法说明、数值单位及不确定性，不能将两种数值直接混用。
容易弄错：MOL2 中的原子部分电荷不能代替整个分子的净电荷。普通缔合设置也不能代替金属配合物的配位与电子态确认。
小分子–环糊精：包合与多主体穿套由客体结构和明确的环糊精类型建立主客体体系，检查包合构象及水中行为。
从哪里进入研究场景选“分子识别”，体系组成选“小分子 + 环糊精”；A 为客体小分子，B 为环糊精。
1. 文件怎么准备
- 常规 1:1 上传客体的单分子 SDF/MOL2。B 侧选择 α、β 或 γ 环糊精，由平台构建相应结构。
- 衍生物需选择具体修饰类型及每个环糊精分子的取代基数量；页面自动换算取代比例。平均取代度本身不能代替明确的化学结构。
- A:B=1:N（N 为 2–12）时，客体 A 必须使用单分子三维 V2000 SDF，不另行上传 B 文件，多个环糊精由平台构建。
2. 参数怎么选
- 环糊精类型与修饰
- 按照实验使用的 α/β/γ 和修饰类型选择。没有修饰就选“无修饰”，不要为比较效果随意改成另一种环糊精。
- AB 缔合比
- 1:1 是一个客体与一个环糊精；1:N 是一个客体与 N 个环糊精。第一次使用可先按实际的一对一体系操作。
- 环境与 MD
- 需要 MD 时选择水。1:1 可使用标准或结构动力学；选择 MM/PBSA 至少需要 50 ns 生产期轨迹。
- 1:N 交付
- 多主体目前接受几何报告，或 MD+MM/PBSA；后者计算整体系总结合自由能，并按各包合分支输出分解。环糊精双解耦 ABFE 尚未开放。
3. 按顺序完成提交
- 先上传并查看客体，再在 B 侧选择环糊精类型。
- 如为衍生物，选择明确修饰与每分子取代基数；如为天然环糊精，保留无修饰。
- 设置溶剂、A:B 比例和搜索强度；如需 MD，选择水及相应分析级别。
- 确认摘要中的环糊精类型、修饰、数量、MD 时长与图文交付后提交。
确认 A/B 含义没有颠倒、取代基数是每个环糊精分子的数量；1:N 使用 V2000 SDF，MM/PBSA 时长不少于 50 ns。
4. 结果怎么看
- 先查看客体相对环糊精空腔的位置与包合方向，核对环糊精数量和结构是否符合输入。
- 有 MD 时联合阅读包合状态变化、稳定构象与相互作用占有率。
- MM/PBSA 是所采样包合状态下的端点估算；1:N 应同时查看整体系结果和每个分支的分解，不能只摘录一个分支作为整体系结果。
容易弄错：“其他衍生物”尚不能仅凭参数构建；含 Mn 配合物与环糊精的组合也未开放。遇到这类体系请先确认适用方案。
糖链–蛋白：寡糖与多糖保留整条糖链及其立体化学，研究糖链与蛋白的结合界面。
从哪里进入研究场景选“生物分子”，体系组成选蛋白与寡糖/多糖，核对摘要显示“多糖-蛋白”。普通小分子输入被识别为糖链时，可点击“转到多糖-蛋白专线”。
1. 文件怎么准备
- 蛋白使用 PDB、ENT 或 CIF；糖链使用单个完整连通分子的 SDF/MOL2，包含全部单糖单元、糖苷连接、键级和立体化学，不要拆成多个独立单糖。
- 也可通过有三维结构的 PubChem CID 加载；页面示例为 446495（α-麦芽四糖）。此示例仅演示加载方式，不代表它适用于任何蛋白。
- 使用 SMILES 时，应粘贴包含完整糖链与立体化学的异构 SMILES，加载后再次检查糖链长度、连接和构型。
2. 参数怎么选
- 位点
- 已有实验位点时选择对应残基或坐标；链与编号必须来自本次蛋白结构。没有明确位点时使用页面的自动识别。
- 流程与分析
- 需要结合构象选对接；还要查看动态界面保持时加入 MD，并按需求选择分析级别、绘图和报告。
- 糖修饰
- 检测到修饰候选后，完成下方修饰位点确认。目前糖甲基化自动专线支持羧基甲酯；其他类型需先确认参数方案。
- 已有复合物的快速评估
- 选择“复合物快速评估”并上传已有复合物；若含多条糖链，选择本次目标整条糖链，可另附原始 SDF/MOL2 模板核对化学身份。
3. 按顺序完成提交
- 选择糖链与蛋白组分，确认进入多糖-蛋白线路。
- 分别加载蛋白和完整糖链，在显示控制中核对糖链单元与连接。
- 选择位点和流程；如出现糖修饰确认面板，完成对应确认。
- 检查方案摘要中的体系与交付内容后提交。
糖链应是完整连通对象，不能把蛋白上原有的共价糖基化与独立待对接糖链混为一类。
4. 结果怎么看
- 先检查代表结构中的糖链是否完整，再阅读各糖单元与蛋白的接触覆盖及热点。
- 有 MD 时结合界面接触保持与构象变化判断本次采样中的行为。
- 快速评估提供完整糖链接触、蛋白侧 pKa 敏感位点，以及短程显式溶剂动力学和 MM/GBSA 的趋势；这些结果不直接换算为 Kd/pKi。
容易弄错：本线路没有高通量入口。不要把普通小分子亲和模型或另一线路的 pH 设置直接套到糖链专线上。
含金属与辅因子的体系在真实结构基础上明确保留组分、配位环境与化学状态，再进入相应计算。
从哪里进入先选择实际的蛋白或分子体系，上传包含金属/辅因子的结构；识别完成后核对页面的保留组分、金属中心与氧化态。
1. 文件怎么准备
- 受体或已有复合物应保留目标金属、配位原子和所需辅因子。页面要求“补充模板”时，上传该对象对应的单分子 SDF/MOL2，用于恢复正确键级。
- 直接 MD 的复合物输入需先选择正确的目标小分子实例，再核对蛋白侧保留组分。目标配体与辅因子模板不能互换。
- 若输入框明确要求含辅因子 ZIP，按提示准备 complex.pdb、ligand.sdf、retain.sdf；含辅因子+离子配位 ZIP 则为 receptor_complex.pdb、retain.sdf 及一个目标小分子 SDF/MOL2。不要在第二框重复上传包内配体。
- 精确 Mn/Ga 配体每次仅一个明确保留中心；Mn 模板需至少两条显式 Mn–N/O/S 配位键，Ga(III) 需恰好六条 Ga–N/O/S 配位键。
2. 参数怎么选
- 保留对象
- 逐项确认哪些是研究需要的金属或辅因子，不因被自动识别就全部保留，也不要误删真正参与结合的组分。
- 氧化态与净电荷
- 按实验化学状态选择金属氧化态，另行核对整个配合物净电荷。同元素有多个中心时逐中心确认；pH 不代替氧化态或配位设置。
- 计算范围
- 按当前中心和体系开放的流程选择。精确 Mn/Ga 配合物不进入高通量库；Ga 键合 MD 当前仅开放蛋白与精确六配位 Ga 配体。双小分子 Mn MD 目前只开放结构动力学级别。
3. 按顺序完成提交
- 上传含完整配位环境的结构，等待组分识别结束。
- 确认目标配体和要保留的辅因子/金属；按提示补充化学模板。
- 选择每个目标金属中心的氧化态，核对净电荷及页面要求的电子态确认。
- 选择已开放的计算与交付选项，核对摘要和提示后提交。
金属中心、配位成员、净电荷和模板应对应同一个实际化学对象；不能通过更换为普通线路绕过特殊体系要求。
4. 结果怎么看
- 先核对结果结构中金属、配位成员与保留辅因子是否完整，再阅读构象和相互作用。
- MD 报告应连同参数化说明和配位环境变化一起阅读；金属参数化会单独占用计算阶段，其耗时不能按普通小分子对接估计。
容易弄错：不应把所有金属都视为支持相同 MD 或自由能方法。MOL2 原子部分电荷不能代替配合物总电荷，双小分子 Mn 的 MM/PBSA 与 ABFE 尚未开放。
共价小分子–蛋白明确蛋白成键残基、配体反应原子及键变换，研究受支持的共价结合模式。
从哪里进入选择小分子–蛋白体系，在结合方式中选择“共价”。
1. 文件怎么准备
- 受体必须是包含目标 CYS-SG 或 LYS-NZ 原子的 PDB；不能仅提供受体序列或缺失目标侧链的结构。
- 配体使用保留正确键级的单分子 SDF，反应位点应与实际拟研究的化学反应一致。
2. 参数怎么选
- 反应候选
- 出现多个反应候选时，依据实际反应选择对应候选；不要仅因默认选中就直接确认。
- 成键残基
- 从识别的 CYS-SG 或 LYS-NZ 中选择具体链与残基编号，检查配体成键原子和反应变换。
- 计算流程
- 引擎按共价方案自动匹配。需要连接形成后的动态分析时，再按页面选 MD、时长和分析级别；图文交付按需选择。
3. 按顺序完成提交
- 上传受体 PDB 和配体 SDF，等待反应位点识别。
- 选择实际反应候选及具体蛋白成键残基，查看配体成键原子与反应变换。
- 点击“确认此位点”；更换文件或反应选择后重新确认。
- 核对流程、目标位点和交付内容后提交。
确认的是实际研究的成键位点与反应，不只是空间上最近的残基。
4. 结果怎么看
- 先核对结果中的共价连接对象、蛋白位点和键变换，再阅读周围非共价相互作用。
- 有 MD 时查看形成连接后复合物的动态行为；对接或轨迹结果本身不等于实验反应速率。
容易弄错：未识别到受支持反应位点时，应核对结构或联系支持；改成普通非共价模式并不能完成同一共价任务。
蛋白修饰：已有修饰与按位点构建区分结构中已有的修饰和需要新增的修饰，并将位点精确对应到链与残基。
从哪里进入在实际的蛋白相关计算线路中先上传结构；识别正确时保留“原始修饰”，需要新增或校正时再打开修饰设置。
1. 文件怎么准备
- 按基础线路准备蛋白及配体/伙伴结构。已有糖基化需包含真实糖链和蛋白–糖链连接；泛素化需包含真实异肽键。
- 甲基化需上传含 MLZ、MLY 或 M3L 的结构并选择对应亚型；琥珀酰化需含 SLL；TPQ 必须已存在于结构中。
- 位点写真实链号、母体残基和编号，例如 A:SER-34；多蛋白可写 蛋白A:A:LYS-88; 蛋白B:A:LYS-120。示例仅说明格式，必须替换为自己的结构编号。
2. 参数怎么选
- 原始或新增修饰
- 已识别且符合研究对象的修饰可保留“原始修饰”。需要新增时选择修饰类型和准确位点，不要重复录入已识别位置。
- 自动构建范围
- 当前磷酸化可用于 SER/THR/TYR；乳酸化、巴豆酰化、乙酰化用于相应 LYS。这些类型可按位点构建；巴豆酰化和乙酰化 MD 目前限链内位点。
- 预修饰结构
- 糖基化、泛素化、甲基化、琥珀酰化与 TPQ 需上传已含对应修饰的结构，不能仅靠选项或备注自动产生。
- 特殊范围
- 泛素化 MD 目前仅开放单泛素化，K48/K63 多聚与自定义链尚未开放 MD。TPQ 目前仅开放蛋白–小分子高通量且不含 MD，需明确中性或阴离子状态。
3. 按顺序完成提交
- 选择基础计算线路并上传结构，等待修饰识别。
- 核对已有修饰是否正确；仅需增加或校正时选择修饰类型并填写位点。
- 按照修饰类型选择构建方式或预修饰结构，并核对可用流程。
- 确认伙伴归属、链号、残基编号和修饰化学形式后提交。
位点必须属于本次上传结构及正确伙伴；多受体 ZIP 不能共用一套人工修饰位点，需按任务拆分或使用各自原始修饰。
4. 结果怎么看
- 先核对修饰对象、位置、化学形式和连接关系，再阅读与伙伴的相互作用及动力学结果。
- 比较修饰前后时，应核对两次任务的其余输入、位点、流程和环境是否一致，避免把设置差异当成修饰效应。
容易弄错：TPQ 普通对接和 MD 尚未开放；含多种修饰或特殊组合时，以当前页面可运行选项为准，不应套用单一修饰的全部能力。
已配置晶体与材料：体相、界面及 MD使用已配置材料模板建立模型；对已开放的组合继续进行全原子动力学。
从哪里进入研究场景选“体相与界面”，选择小分子、蛋白、DNA 或复合物与晶体/材料，再选体相或界面及实际材料。
1. 文件怎么准备
- 小分子上传 SDF/MOL2；蛋白、DNA/RNA 或已有复合物上传 PDB、ENT 或 CIF，并确认完整结构和需要的组分。
- 材料从当前列表中选择已配置结构；只填写材料名称不代表已建立生产计算模型。
- 小分子–COF-1 孔道 MD 必须使用单分子 SDF，以明确形式电荷和键级。
2. 参数怎么选
- 研究区域与材料
- 先确定研究体相、孔道还是表面，再选择实际模板和晶面；不要仅因名称相近选另一材料。
- 建模环境
- 按研究条件选择页面提供的介质与离子设置。仅建模的结果用于查看构建结构，不等于动态吸附稳定性。
- COF-1 孔道 MD
- 小分子–COF-1 使用全原子、干态、不添加离子或辅助组分。
- 高岭石界面 MD
- 蛋白或 DNA–高岭石(001) 使用全原子、显式水，选择自动中和或 NaCl 背景电解质；不使用自定义介质、目标离子或辅助组分。
3. 按顺序完成提交
- 选择体相与界面场景，以及参与研究的分子和材料组分。
- 上传分子/蛋白/核酸结构，选择材料模板与研究区域。
- 配置实际介质和离子；需要 MD 时使用已开放的 COF-1 或高岭石组合及对应环境。
- 核对模型、流程、时长和图文交付后提交。
检查所选材料、晶面、孔道/界面和分子是否一致；MD 环境须与已开放分支匹配。
4. 结果怎么看
- 先查看构建的体相或界面结构，确认分子、材料及相对位置符合研究对象。
- 有 MD 时再阅读本次生成的轨迹与体相/界面分析；仅建模任务没有由动态采样支持的稳定性结论。
容易弄错：存在某材料的建模选项，不代表它的 MD 已接通。膜与聚合物体系目前尚需匹配专用参数和计算线路，请先联系支持。
自定义周期材料：机器学习势函数从完整周期结构出发进行电子计算、势函数训练和材料模拟；与直接选现有模板的流程不同。
从哪里进入“体相与界面”中选择“周期晶体 / 一般材料”并上传周期结构；小分子–未知材料使用小分子与材料界面组合并上传材料文件。
1. 文件怎么准备
- 周期结构使用 CIF、POSCAR、CONTCAR 或 VASP，必须包含完整三维周期晶胞。
- 纯材料线路不需要额外分子文件；小分子–未知材料界面另需一个中性、闭壳层小分子的单分子 SDF。
2. 参数怎么选
- 纯材料
- 使用体相、全原子配置；流程包含电子收敛、势函数训练与验收、体相优化、NVT/NVE/NPT、DFT 复核、绘图和报告。
- 小分子–未知材料
- 使用界面、全原子、干界面、不添加溶剂、离子或其他组分；流程包含表面构建、联合 DFT 标注、势训练、固定晶胞模拟与复核。
- 磁性
- 按材料性质选择非磁性或自旋极化。自旋极化需按元素填写初始磁矩，如 Fe:4; O:0；这只是格式示例，不能不加判断套用。
- 电子设置与时长
- 阅读并确认页面的 PAW-PBE 电子结构设置说明；不自动启用 DFT+U、杂化泛函或 SOC。MD 提供 20、50、100 ns，时长不包含前面的电子计算和训练耗时。
3. 按顺序完成提交
- 准备并上传完整周期结构；界面研究同时上传符合要求的小分子 SDF。
- 选择体相或界面及全原子配置，确认材料磁性；需要时填写按元素的初始磁矩。
- 阅读并确认电子结构设置，界面研究保持干态且不加其他组分。
- 核对固定完整流程、MD 时长与交付内容后提交。
周期晶胞完整，材料磁性已确认；小分子界面输入为中性闭壳层单分子，且没有额外溶剂、离子或辅助成分。
4. 结果怎么看
- 先阅读势函数验收与 DFT 复核，再查看后续体相/界面模拟和结构分析。
- 核对最终模型、模拟条件与研究区域是否对应输入；不能只取最后一张结构图作为模型可靠性的依据。
容易弄错：此线路内部包含电子计算，不代表独立的“电子结构与静电势”“反应路径与机理”或“力学性质分析”研究目标已开放。
复合物评估与自由能
已有复合物 · 快速评估已经有结合姿态，希望先检查界面、质子化与结合趋势。
从哪里进入选择小分子-蛋白、蛋白-蛋白或 DNA/RNA-蛋白体系 → 研究目标选“复合物快速评估”。糖-蛋白也有相应的增强评估分支。
1. 文件怎么准备
- 上传一个已形成复合物的 PDB、ENT、CIF 或 mmCIF；文件中必须同时存在要评估的双方，并处于实际结合位置。两个相距很远的独立分子不能靠这一流程自动变成对接构象。
- 小分子体系：有多个候选组分时，在“目标小分子”中选择要评估的那一个。若页面提示无法可靠恢复键级，补上传同一化学结构的单分子 SDF/MOL2 模板；已核验的模板无需重复上传。
- 蛋白-蛋白体系：超过两条蛋白链时，明确“界面组 A”和“界面组 B”，例如 A,B 与 C,D；字母必须来自本次复合物，双方不能重叠。糖链体系则按页面选择实际目标糖链。
2. 参数怎么选
- 温度与 pH
- 默认显示 25 °C、pH 7.4。温度按实验条件填写；pH 只接受 3.0、5.0、6.0、6.5、7.0、7.4、8.0、9.0。此处 pH 用于 pKa 敏感性判读，不重建固定质子化态。比较不同复合物时保持条件一致。
- 小分子角色
- 按研究目的选一般配体或抑制剂；这个选项不能证明分子确实有抑制活性。
- 评估内容
- 首次使用保留当前体系可勾选项。蛋白-蛋白不提供 GNINA 项；核酸及糖链不套用普通小分子亲和评分，灰色项目不可选。
3. 按顺序完成提交
- 选定体系与快速评估目标，确认流程显示“结构校验 → 快速评估 → 报告”。
- 上传复合物，等待组分识别，选择目标配体或界面链组，并补齐提示要求的化学模板。
- 核对温度、pH 和评估内容，提交后在任务监控中等待最终报告。
研究的是上传结构中已经存在的界面；配体身份、链分组和模板一致。
4. 结果怎么看
- 先看结构与界面检查，再看接触残基、热点及 pKa 敏感位点。不同方法的一致或矛盾都值得记录。
- 小分子/蛋白的亲和趋势是模型预测；若报告给出 pKi，应按其简单 1:1 平衡近似和适用条件理解。核酸体系不输出未经验证的 Kd/pKd。
- 糖-蛋白增强评估还提供双重复短程显式溶剂 MD 与 MM/GBSA 趋势，重点看界面是否保持、糖链接触覆盖；不要把短轨迹结果直接换算成 Kd/pKi。
容易弄错：这不是重新搜索结合位点的对接流程。输入姿态不合理时，应先处理结构或完成对接，再做评估。
小分子-蛋白 · 炼金自由能用已准备好的复合物开展单配体 ABFE 或多候选 RBFE，区别于普通对接评分。
从哪里进入生物分子 → 小分子 + 蛋白 → 研究目标“自由能计算与增强采样” → 炼金自由能。当前页面中的拉伸 / PMF 入口尚未开放。
1. 文件怎么准备
- 单配体：上传含蛋白和唯一目标配体的复合物 PDB/ENT，再上传该配体的单分子 SDF。复合物中要有可识别的非聚合物配体记录；SDF 的重原子组成、键级、电荷和立体化学须与目标对应。
- 多候选：准备一个 ZIP，每个案例单独放在子目录中，每个目录恰好一个复合物 PDB/ENT 和一个单分子 SDF。目录名称互不重复；当前最多 32 个案例。一个有效案例走 ABFE，多个有效案例走 RBFE。
- 各案例必须使用同一受体：蛋白链、残基及重原子坐标一致。先在同一受体坐标系准备各配体姿态，不要混入不同构象的受体。RBFE 候选按相同形式电荷分组。
- 当前标准线路不接受含金属中心、非标准蛋白修饰、DNA/RNA 或未处理额外辅因子的复合物；不要仅为通过上传而删除研究必需的组分。
candidates.zip
├── candidate_A/
│ ├── complex.pdb
│ └── ligand.sdf
└── candidate_B/
├── complex.pdb
└── ligand.sdf2. 参数怎么选
- 计算类型
- 由有效案例数量决定，无需把多个分子塞进同一个 SDF 来指定 RBFE。
- 目标小分子
- 确认唯一目标配体与 SDF 一致。若含额外有机组分，应先确认体系是否适用；不能仅靠下拉选择一个目标就忽略其他组分。
- 采样设置
- 本线路采用平台固定的计算协议；普通 MD 时长或高级备注不能改写炼金采样参数。
3. 按顺序完成提交
- 准备单复合物 + SDF，或按下方结构制作多案例 ZIP。
- 选择自由能目标后上传；单复合物核对唯一目标并上传对应 SDF，ZIP 模式使用项目包内的配对文件。
- 核对页面识别出的模式和分子身份，提交并保留编号，等待自由能计算、结果分析和报告完成。
每个案例只有一个目标配体；所有受体一致，RBFE 形式电荷一致；SDF 不是另一种质子化状态或异构体。
4. 结果怎么看
- 先读报告中的计算类型、参考方向与单位，再读自由能表。ABFE 是单个体系的绝对结合自由能估计，RBFE 是候选间的差值，不能混为一列直接比较。
- 查看 free_energy_results.xlsx、自由能图及诊断目录；结合不确定度、重复间一致性和收敛诊断判断结论。差异小于误差时不要强行排序。
- 两个或三个候选也可建立 RBFE，但网络冗余和闭环诊断能力有限。请保留报告与诊断资料一起复核。
容易弄错：对接构象文件不自动等于合格的自由能输入。不同受体坐标、不同净电荷或错配的 SDF 会使项目无法按当前协议执行。
04 / 输入准备
上传与研究对象一致的结构
按照输入框中标明的对象上传文件。加载后通过“显示控制”切换对象，核对分子是否正确，避免把受体、配体或复合物放错位置。
| 研究对象 | 准备方式 |
|---|---|
| 蛋白、核酸与多肽 | 按当前输入框要求使用 PDB、ENT 或 CIF。PDB ID 是结构数据库编号。序列建模只用于已接通的相应线路，详见上方指南；不要把 FASTA 文本当作三维结构文件，也不要仅因看到序列框就认为该体系支持序列提交。 |
| 小分子 | 常见输入为 SDF / MOL2，请保留正确的键级与立体化学。提供 PubChem CID 或 SMILES 入口时，可加载并检查生成的结构。 |
| 已有复合物 | 用于直接分析、绘图或当前页面支持的动力学流程。检查链、残基及组分对应关系，确保需要研究的对象确实存在于结构中。 |
| 批量与高通量筛选 | 先切换到对应模式，再按页面要求上传配体库或选择数据库。SDF、MOL2、ZIP 等格式的适用范围，以该模式的输入提示为准。 |
| 金属、修饰与材料体系 | 使用相应体系入口和专用参数，确认需保留的组分与化学状态。无法确认时，先联系技术支持确定输入方案。 |
- PDB ID 与 PubChem CID
- PDB ID 用于查找生物大分子结构；PubChem CID 是小分子的数字编号。把编号填到对应查询框并点击加载，不是填在文件名或备注中。获取后仍需核对实际对象。
- SMILES 与 FASTA
- SMILES 表达小分子连接关系，涉及手性和电荷时需明确写出；FASTA 是氨基酸等序列。只有对应线路支持并完成加载或建模时，才能作为有效输入。
- 三维结构与模板
- 结构给出原子位置；SDF/MOL2 模板还帮助确定键级、电荷和化学身份。已有复合物与其配体模板必须描述同一个分子，不能用同名但不同异构体的文件代替。
- ZIP 项目包
- 不同路线的 ZIP 规则不同：筛选库、批量复合物、辅因子包、自由能案例包不能互换。按相应线路组织目录；不把所有文件随意压在一个文件夹中。
文件扩展名正确并不代表结构内容正确。请检查缺失原子、所需链与配体、重复组分和残基编号；上传后仍以页面解析提示为准。
05 / 参数配置
把已知的实验条件带入任务
- 位点与约束：没有已知位点时可使用页面的自动识别；已有实验依据时再填写口袋坐标或残基列表，链名与编号必须对应上传结构。
- pH 与化学状态：当前线路开放 pH 设置时，按其支持的选项和实验条件填写；它不等同于自动改变金属氧化态或所有特殊修饰。涉及金属、共价结合或修饰时，同时核对对应的专用选项。
- 动力学与分析：选择 MD 后再确认时长及可用分析项目。首次使用可保留页面默认值，有明确研究要求时再调整。
- 图像与报告：按页面显示的交付内容确认是否包含 2D、3D 与报告；选择报告时，所需绘图会自动纳入。
- 紧急程度与价格：核对当前页面的标准／加急选项及价格提示。加急会影响等待顺序，不代表已在运行的计算会被打断，也不保证固定完成时间。
残基列表可写 A:45,A:52,A:108。口袋框示例为 center 12.4,-3.1,8.0; size 20,20,20，坐标与尺寸按 Å 理解，必须位于本次上传结构的坐标系内。这里的数值仅示范格式，不能原样当作你的结合位点。
编号应来自所传结构的链与残基记录，不要直接套用另一份结构、序列的编号，或将 nm 坐标直接填成 Å。
可在“高级备注”中补充项目背景与特殊需求。备注不替代结构文件、必填参数或页面尚未支持的计算功能。
06 / 提交之后
用项目编号跟踪进度
提交成功后保留项目编号，在任务监控中查看当前阶段、进度与排队提示。需要重新打开结果时，使用“选择历史任务”切换到对应项目。
排队中
等待相应计算资源。前方任务数量会变化，无需反复点击提交。
计算与交付中
计算、分析、绘图、报告和上传是不同阶段。某一阶段完成后，仍可能需要继续处理后续步骤。
完成或需要处理
以最终状态和可下载结果为准。出现失败提示时，记录项目编号、阶段及提示内容，便于定位问题。
07 / 交付与使用
先核对任务，再查看和下载
- 选择正确的历史任务，核对项目编号与所选流程。
- 通过“显示控制”查看分子或结果复合物；已生成的 2D、3D 图像与报告可在结果预览中查看。
- 使用“下载完整结果”或“下载结果”保存交付文件。报告、结构、表格及其他产物的种类随本次流程而定。
- 页面提供“修改图片”入口时，可调整对应图像的展示样式。各类图支持的编辑项不同，以编辑器实际提供的控件为准。
动力学图表：每张图先看什么？
下表用于理解已经生成的图，不代表每条线路都会交付全部指标。先核对图中的统计对象、参考结构、时间区间和单位，再比较不同任务。
| 指标 | 含义与阅读方法 |
|---|---|
| RMSD | 相对于参考结构的整体偏离。 先确认统计对象是蛋白、核酸、配体还是复合物，再看随时间的变化；曲线出现平台不能单独证明充分收敛。 |
| RMSF | 原子或残基位置随时间的波动幅度。 把峰值对应回残基/核苷酸和三维位置，区分末端、柔性环和关注位点；高波动不自动等于结构失稳。 |
| Rg（回转半径） | 分子整体紧凑程度的指标。 看同一统计对象是否持续变紧凑或展开，结合代表构象核实；不同大小分子不宜只比数值高低。 |
| 氢键与接触 | 所选组分之间的几何相互作用及其持续情况。 结合时间变化、占有率和代表构象阅读，不只看某一帧连线数量。 |
| SASA | 溶剂可及表面积。 核对统计对象及面积单位，观察暴露/埋藏的变化；与接触和结构变化一起解释。 |
| 自由能面 | 本次轨迹在所选构象坐标上的相对分布。 结合横纵轴和代表构象识别低能区；它不是配体绝对结合自由能，不按不同任务图中的颜色直接比较亲和力。 |
| DSSP / PCA / DCCM | 分别描述二级结构、主要构象运动与运动相关性。 将变化对应到结构区域；相关运动不能直接说明因果。核酸等体系的可用分析按对应线路显示。 |
| MM/PBSA | 基于采样构象的端点能量估算及分项分析。 先看总量、统计范围与区间，再读残基分解；在一致设定下辅助比较，不将它与对接评分当作同一种数值。 |
进一步了解指标：GROMACS 官方分析教程 ↗；AutoDock Vina 官方对接说明 ↗。不同评分方法的数值不能直接混排。
从全部结果交付完成后开始计算；排队、计算和上传期间不会到期清除。请在交付后及时下载并自行保存所需文件。
08 / 常见问题
遇到问题时，先看这里
为什么提交按钮不可用？
先检查是否已登录、账户是否已通过审核，以及当前流程要求的文件是否已成功加载。随后查看输入框或任务参数旁的提示；不同体系需要的输入不同。
能只做绘图，或只选 2D / 3D 图吗？
当当前体系提供这些选项时可以。仅绘图需要上传已有结构或复合物，不能把绘图当作对接计算。2D、3D 与报告分别按页面选项确认，并在提交前核对交付内容。
为什么切换体系后，有些选项不见了？
可用流程、输入格式和参数会随体系及研究目标变化。先确定研究对象，再配置文件和参数；切换后重新核对方案摘要，不要沿用另一体系的设置。
为什么一直在排队，或预计时间发生变化？
任务需要等待对应计算资源，排队本身不代表失败。前方任务数量和预计时间会随队列及计算阶段变化，当前阶段的预计剩余时间也不等于整单交付时间。
看不到结果预览，是否代表没有结果？
先确认历史任务选中了正确项目，且相应阶段已完成。只有选择并生成的图像、报告才会开放对应预览；部分文件只包含在完整结果包内。
修改图片会自动重新计算吗？
图片编辑用于调整已有图像的展示效果，不等同于重新进行对接或动力学。需要更新报告时，按编辑页面提供的保存、生成或发布操作完成，并等待新报告就绪后下载。
任务失败后应该怎么办？
保留项目编号、失败阶段和页面提示，先通过联系我们获得协助。不要只因短暂等待或进度不变就重复提交，重复提交会产生新的任务。
未找到适合的体系或特殊设置怎么办？
使用联系我们说明研究目标、分子类型和所需交付，确认适用方案后再提交。金属、共价结合、蛋白修饰等体系请使用页面对应设置，不要直接套用普通非共价体系。