含金属离子辅因子的蛋白口袋构象与选择性机制解析
一句话价值
离子桥、关键接触、构象稳定性与选择性机制。
以链霉亲和素(Sav)为支架装配生物素化 Cu(II) 辅因子,构建含金属离子活性口袋的复合体系。通过动力学采样定位关键离子桥与口袋稳定构象,并结合能量路径对比解释对映/区域选择性的形成机制。
100 ns
时间尺度
ΔG / 空间构象
考察指标
收敛 / 重复 / 实验匹配
结果验收
关键图
技术亮点
我们为什么能把这类问题做得更稳、更快、更可复核
- 亮点 1:DFT校正、广适应度的建立含配位金属离子力场的脚本。
- 亮点 2:自适应的快速准备QM/MM输入文件的脚本。
- 亮点 3:我们对动力学和蛋白手性选择的深刻理解。
MD离子作用自由能手性选择
问题展开/收起
问题
展开/收起
- (占位)含离子环境下结合是否稳定?关键离子桥在哪里?
方法展开/收起
方法
展开/收起
- 对接姿势筛选
- 含离子体系建模
- MD 采样
- 自由能/接触分析
- 复核与报告
交付物展开/收起
交付物
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- 轨迹与关键帧
- ΔG/PMF 与误差
- 关键接触/离子桥汇总
- 复现脚本与参数清单
验收口径展开/收起
验收口径
展开/收起
- 重复跑趋势一致
- 采样/窗口收敛
- 版本与口径可追溯












